شهید سید محمدباقر صدر یکی از بزرگ‌ترین اندیشمندان مسلمان و به تعبیر امام خمینی (ره) «مغز متفکر اسلامی» در قرن چهاردهم هجری است. صدر از حلقه یاران خواص حضرت امام در مدت اقامت ایشان در نجف به شمار می‌رفت و در طول تمام مبارزات امام پشتیبانی خود را از این نهضت اعلام می‌کرد. در همین راستا او دست به تولید نظریاتی درباره مبانی انقلاب اسلامی زد که حاصل آن‌ها مجموعه شش‌جلدی «الاسلام یقود الحیات» شد.

 چند سال مانده تا پیروزی انقلاب اسلامی در سال 57، یک سؤال عمیق ذهن بسیاری از روحانیون انقلابی را به خود مشغول کرده بود: اگر پیروز شویم چه کار کنیم؟چگونه کشور را اداره کنیم؟ با کدام نظام اقتصادی؟ با کدام نظام سیاسی؟ مبنای ما برای این نظام سازی چیست و منبع ما کدام است؟
عده‌ای از علمای انقلابی در برابر این سؤال‌ها پاسخ می‌دادند که هنوز زود است بخواهیم از این فکرها کنیم و با پرداختن به این افکار از عمل بازمی‌مانیم. ابتدا باید این رژیم را سرنگون کرد و بعد  به این مسائل می‌پردازیم. بزرگانی هم چون مرحوم ربانی شیرازی پاسخ می‌دادند که برنامه تنها قرآن است، اما جواب اصلاً جواب قانع‌کننده‌ای نبود، چرا که قرآن مانند گنجی است که باید استخراج شود. پس دوباره این سؤال مطرح شد: برنامه چیست؟
شهید سید محمدباقر صدر از اولین اشخاصی بود که به اهمیت این مساله پی برد و تلاش‌های فراوانی را در جهت معرفی نظامات فکری و اقتصادی و اجتماعی اسلام انجام داد. بااینکه در آثار وی مفهومی به نام علوم انسانی اسلامی با معنای امروزی آن یافت نمی‌شود اما الگوی به کار برده شده توسط ایشان در آثاری چون «مجمعتنا»، «اقتصادنا» و «فلسفتنا» حاکی از ارائه نوعی از علم دینی است. استخراج نظریه شهید صدر در زمینه علوم انسانی اسلامی نیازمند فهم مبانی فکری اوست.

هستی‌شناسی
 دو جریان عمده فکری در زمان شهید صدر عبارت بودند از مارکسیسم و لیبرالیسم. این دو جریان در بعد فلسفی خود تکیه بر مادی‌گرایی و دنیوی‌گری داشتند و قسمت عمده تلاش علمی شهید صدر، مخصوصاً در کتاب فلسفتنا نفی مادی‌گرایی آن‌ها و اثبات عالم مجرد در برابر ماده و وجود رابطه میان آن دو است. اصالت عالم ملکوت در برابر عالم مُلک مهم‌ترین مبنای هستی‌شناسی صدر است.

معرفت‌شناسی
 نظریه انتزاع، مقبول‌ترین عقیده در میان فلاسفه اسلامی درباره معرفت‌شناسی است و صدر هم محصولات فکری خود را بر پایه همین نظریه استوار کرده است. طبق این نظریه ریشه شناخت‌های ما به دو دسته تصور و تصدیق تقسیم می‌شود. تصورها همان صورت‌های ذهنی بدون حکم هستند که یا از رابطه ما با عالم بیرون با واسطه احساس ساخته می‌شوند، مانند تصور ما ازآسمان و خورشید و کوه و... یا پس از دریافت‌های حسی با پردازش ذهن انسان به وجود می‌آیند، چون مفاهیم نظم و عدل و... . این دسته از یافته‌ها به دلیل این که با ابزار حس کشف می‌شوند، گرفتار اشکالات حس بوده و نمی‌توان از آن‌ها به عنوان داده‌های یقینی استفاده کرد.
اما دسته دیگری از یافته‌های ما تصدیق‌ها هستند. تصدیق همان تصور است که حکمی به آن نسبت داده شده است. مانند این جمله که خورشید وجود دارد. این دسته از یافته‌ها از آن جایی که مبتنی بر یک سری بدیهیات فطری و مورد پذیرش تمام انسان‌ها چون اصل علیت و اصل محال بودن اجماع نقیضین است، می‌تواند با شرایطی به عنوان داده‌های یقینی مورد پذیرش واقع شود و معیاری برای سنجش صدق تصورهای ما باشد. البته شهید صدر موفق شد با پایه‌ریزی نگاهی جدید اصلاحاتی در این نظریه انجام دهد اما اصول نظریه انتزاع همچنان مورد پذیرش وی بود.

انسان‌شناسی
از نظرگاه صدر، انسان موجودی دارای دو ساحت مادی و معنوی است که از ابتدا در جامعه زیسته است. زندگی در اجتماع با وجود این که زمینه‌های حیات او را فراهم می‌کرده اما مشکلات فراوانی هم در سد راه او قرار داده است. مهم‌ترین این مشکلات چگونگی برقراری عدالت اجتماعی است. نظامات دست‌ساخته بشر از آن جا که نمایش‌دهنده نفسانیات سازندگان آن هستند هرگز نمی‌تواند الگوی مناسبی در این جهت معرفی کند. بنابراین یا آزادی‌های او را در جهت عدالت قربانی می‌کند و یا عدالت را فدای آزادی. آیت‌الله صدر در زمینه امیال درونی انسان بیان می‌کند که انسان موجودی  است دارای حب الذات. این غریزه در وجود انسان منشأ تمام اعمال ارادی اوست. اسلام با تغییر بنیادی در مفهوم لذت، این غریزه انسان را در جهت قرب به عالم ملکوت به کار می‌گیرد و می‌تواند بهترین نظام را معرفی کند.

علم‌شناسی، دین و علم دینی
شهید صدر به علم نگاهی اثبات‌گرایانه دارد و آن را حاصل تلاش انسان برای پاسخ به سوالاتی می‌داند که درباره پدیده‌های عینی و خارجی  بتواند آن‌ها را توصیف و تحلیل کند، بنابراین تنها معیار علمی بودن یک یافته حکایت کردن آن از رخدادهای عینی است.
دین در نگاه صدر عبارت است از ایمان به خدا، پیامبرش و آنچه به وسیله او فرستاده شده و تسلیم شدن در برابر آن. بنابراین دین مجموعه‌ای از عقاید، باورها و احکام است که وظیفه تنظیم رابطه انسان با خود، خدا، طبیعت و هم نوعان را دارد . او در شرح سرگذشت تاریخی انسان بیان می‌کند که انسان‌ها از ابتدا به گونه برابر با هم زیست داشتند اما با گذشت زمان و مسلح شدن عده‌ای به ابزار علم، یک جریان سلطه در اجتماع به وجود آمد که با سوء استفاده خود از علم، نظام اجتماعی را منحرف کرد. پس در این جا دین با عرضه نوعی نظام جدید سعی در بازگرداندن تعادل به سطح جامعه دارد بنابراین در حال حاضر فقط دین اسلام است که به عنوان عقیده‌ای غیر قابل انفکاک از حیات اجتماعی توانایی ارائه این نظام را دارد.
شهید صدر به علت نگاه پوزیتویستی خود به عرصه علم هرگز نمی‌تواند مفهوم علم دینی را پذیرا باشد اما نقطه اوج اندیشه وی تفکیک بین مکتب علم (فلسفه و ایدئولوژی) و خود علم است. از نظر وی علم انسانی حاصل مشاهده جامعه است، بنابراین اگر ما جامعه‌ای داشته باشیم که اسلامی باشد اندیشمند علوم انسانی با مشاهده و مطالعه آن علمی را به دست می‌آورد که می‌توانیم آن را علوم انسانی اسلامی بنامیم. این مساله در نقطه مقابل این هم صادق است یعنی اگر جامعه‌ای مبتنی بر اصول الحادی داشته باشیم دانشمند علوم انسانی با مشاهده آن علوم انسانی الحادی را تولید می‌کند. راه به دست آمدن جامعه اسلامی استخراج ایدئولوژی و نظام اسلامی و اجرای آن در جامعه است. با این کار جامعه‌ای اسلامی به دست می‌آید که با مشاهده مختصات آن می‌توان به علوم انسانی اسلامی هم رسید. پس در این دستگاه فکری جامعه دینی مقدم بر علوم انسانی دینی است و نقش دین نه به طور مستقیم بر علم بلکه با یک واسطه از طریق نظام دینی اعمال می‌شود.