مهم‌ترین پروژه فکری دفتر فرهنگستان در طی سی سال گذشته پایه‌ریزی یک فلسفه جدید در راستای تولید نرم‌افزار حکومت دینی مبتنی بر نقد فلسفه صدرا ست. در واقع فرهنگستان اجزای فلسفه خود را پس از نقد مبانی صدرایی بر خرابه‌های آن بنیان می‌گذارد.
جهان‌بینی فرهنگستان
مرحوم سید منیر حسینی در این بحث ابتدا با نقد جهان‌بینی صدرایی که مبتنی بر وجود و ماهیت است و در یک نظام علت و معلول، خدا را به عنوان علت‌العلل معرفی می‌کند، نوع نگاه جدیدی را با به هم ریختن بحث «علیت» و مطرح کردن «فاعلیت» تحت عنوان «فلسفه نظام ولایت» معرفی می‌کند. در این نگاه عالم مجموعه‌ای متشکل از دو نوع فاعل است؛ نخست فاعل مستقل که مختار کامل و دارای اختیار نامحدود و قدرت ربوبی است و چیزی شعاع قدرت او را محدود نمی‌کند و سپس فاعلی وابسته که دارای تأثیر محدود است. در این نگاه تمام موجودات عالم به‌جز خداوند جزء فاعل‌های وابسته محسوب می‌شوند.
فرهنگستان ابتدا قائل به اصالت ربط می‌شود؛ به این معنی که تمام فاعل‌های غیرمستقل به عنوان یک کل حقیقی با هم یک مجموعه منظم را شکل می‌دهند و سپس از اصالت ربط به اصالت تعلق می‌رود و بیان می‌کند که این مجموعه مرتبط، متعلق به همدیگر نیز هستند و از اصالت تعلق به اصالت فاعلی گریز زده و قائل به اصالت فاعل مستقل به عنوان خالق، ولی و سرپرست تمام فاعل‌های دیگر می‌شود.
امکان یا امتناع علم دینی از منظر فرهنگستان
استاد میرباقری، رییس فرهنگستان علوم اسلامی در پاسخ به پرسش امکان و یا عدم امکان علم دینی پاسخ می‌دهد امکان و یا امتناع علم دینی مستلزم پاسخ به چند سؤال است؛ نخست این که آیا علوم جهت‌دارند یا نه؟ چنانچه علوم را خنثی بدانیم بحث از علم دینی و غیردینی بی‌معنا خواهد بود، چراکه در این صورت علم در برابر جهل قرار می‌گیرد، نه علم دینی در برابر غیردینی. دومین سؤال مربوط به حوزه دخالت دین است، که اگر دین را صرفاً به یک معنویت شخصی و یا یک تجربه دینی کاهش دهیم صحبت از علم دینی باطل خواهد بود، چراکه با پیش‌فرض جهت‌داری علوم هم نمی‌توان دین را یکی از فاکتورهای تأثیرگذار بر علم دانست، اما چنانچه نگاه حاکم بر دین یک نگاه حداکثری باشد دین به عنوان یکی از بازیگران فعال حوزه معرفت توان دخل و تصرف در معرفت علمی را دارا خواهد شد.
مرحوم سید منیر برای اثبات جهت‌دار بودن علم، نظریه جدیدی را در معرفت‌شناسی فلسفی ارائه می‌کند. در این نظریه انسان برای فهمیدن سه مرحله را پشت سر می‌گذارد؛ ابتدا در برخورد اندام‌های حسی او با عالم کیفیتی در ذهن پدید می‌آید که این کیفیت اولیه ناظر به بیرون در ذهن ما تشکیل شده و نقش اراده ما در پدید آمدن آن، یک نقش فرعی است. در مرحله بعد این کیفیت اولیه در ذهن ما دچار مرحله‌ای از دگرگونی و تغییر شده و شکل جدیدی متناسب با اراده‌ها، انگیزه‌ها و علوم قبلی ما پیدا می‌کند و از آن جایی که تمام این عملیات در ظرف ذهن ما اتفاق می‌افتد نقش اراده در آن یک نقش اصلی و محوری است. پس از مرحله تبدیل، ما وارد مرحله سوم می‌شویم که آن مرحله «تمثیل» است. تمثیل شکل نهایی تصورات ذهنی ماست. از نظر استاد میرباقری این تصورات هرگز بر واقع «تطابق» نمی‌کنند بلکه با آن دارای «تناسباتی» است. به‌گونه‌ای که هر کیفیت در ذهن از هر شیئی حاصل نمی‌شود. در واقع فهم حاصل ارتباط ذهن انسان از فیلتر انگیزه‌ها و اراده‌های فاعلی انسان با محیط است. با توجه به تأثیرگذاری انگیزه‌های انسان در یافته‌های ذهنی ما فهم خنثی به هیچ وجه و در هیچ لایه‌ای از علم نداریم، بلکه تمام علوم حتی ریاضیات هم جهت‌دارند، اما شدت این جهت‌داری بسته به نوع علوم متفاوت است. برای مثال شدت این جهت‌داری در علوم انسانی بیشتر و به مراتب در علوم تجربی و ریاضی کمتر است. اما نکته مهم در اینجاست که ما فهم خنثی نداریم. بنابراین از نظر فرهنگستان از آن جایی که اراده انسان از اموری است که عدل و ظلم درباره آن مصداق دارد پس «حق» و «باطل» وصف اصلی علوم می‌شود. صدق و کذب زمانی صفت اصلی علم است که ما علم را به کشف تطابقی بین صورت ذهنی و عالم بیرون تفسیر کنیم، یعنی بگوییم هر وقت صورت ذهنی ما بر عالم خارج مطابق بود علم ما صادق و هر وقت نبود کاذب است، اما اگر اراده را در فرایند فهم دخیل بدانیم و به انسان به چشم یک کامپیوتر بدون اختیار که صرفاً اطلاعات زیادی ذخیره کرده نگاه نکنیم در این صورت ما از همان ابتدا دو جور فهم خواهیم داشت یا فهم حق که از اراده و انگیزه ایمانی تحت ولایت و سرپرستی پروردگار حاصل می‌شود و یا فهم باطل که در نقطه مقابل قرار دارد .
هیچ کس برای کشف حقیقت تحقیق نمی‌کند
میرباقری در شرح این مدعا می‌گوید هیچ کس در عالم به‌گونه‌ای زندگی نمی‌کند که صرفاً برای کشف حقیقت دست به تحقیقات علمی بزند، بلکه علوم در رابطه با نیازها و حساسیت‌های انسانی شکل می‌گیرند. آدمی برای رفع نیاز خود به کالا محتاج است و ناچار برای تولید کالا مجبور به ساخت تکنولوژی و اسباب است. لازمه تولید تکنولوژی هم علم است. از نظر فرهنگستان بزرگ‌ترین نیاز انسان که در حکم نیاز محوری اوست و بقیه نیازها در اطراف آن شکل می‌گیرد نیاز به پرستش است. این نیاز یا معطوف به پروردگار می‌شود و یا معطوف به دنیا، پس نهایتاً به این دلیل که نظام حساسیت‌ها و نیازهای جامعه ایمانی با جامعه الحادی متفاوت است ما شاهد دو نوع علم و تکنولوژی خواهیم بود.
میرباقری در نفی وجود نیازهای مشترک می‌گوید: البته اگر نیازها را به صورت فرد فرد و انتزاعی نگاه کنید شاید نیازهای مشترکی مشاهده شود اما با نگاه واقع بینانه یعنی نگاه سیستمی می‌فهمید که هر نیازی در مجموعه کفر و ایمان دو جور تفسیر و دو جور فهمیده می‌شود. در نتیجه ما هیچ نیاز مشترکی در این بین نداریم.
دین‌شناسی فرهنگستان
فرهنگستان برای پاسخ به سؤال دوم مربوط به دین حداکثری هم باز مدعی عرضه دین‌شناسی جدیدی است. از آن جایی که مدعاهای فرهنگستان بر نقد عقاید رایج شکل می‌گیرد لازم است برای فهم این نظریه ابتدا شناخت رایج از دین را که تحت تأثیر علامه طباطبایی ایجاد شده دانست. از منظر علامه طباطبایی انسان موجودی استخدام‌گر است. ذات او استخدام‌گری است و برای مهار این غریزه در سطح اجتماع ما نیاز به یک سیستمی داریم که آن را محدود و جهت‌دهی کند و از آن جایی که عقل بشری محدود است خود معترف به این می‌شود که از طرف معرفتی دیگر به نام وحی این نظام باید به او داده شود پس دین وظیفه‌ای هم در برابر دنیای بشر دارد. وظیفه اصلی دین هدایت و ساخت زندگی اخروی انسان است اما از آن جایی که آخرت از بستر دنیا می‌گذرد لازم است دین هدایت برخی امور را در زندگی دنیا به عهده بگیرد، مقدمه آبادانی آخرت آباد کردن دنیای انسان است. پس وظیفه اصلی دین آخرت و وظیفه فرعی آن دنیاست. البته در این میان عقل و علوم بشری تعطیل نمی‌شود بلکه در کنار دین به حیات خود ادامه داده و در جاهایی که دین سکوت کرد دخالت می‌کنند.
اما از نظر فرهنگستان جامعه محل اعمال اراده‌های آدمی است و از آن جایی که اراده جولانگاه عدل و ظلم است پس دین باید در تمام شئون آن دخالت کند، چگونه در چنین ساحتی می‌توان گفت که دین حرفی برای گفتن ندارد؟ با این حرف، مواضع سکوت دین را جولانگاهی برای سرکشی نفس استخدام‌گر انسان کرده‌ایم. استاد میرباقری در توضیح این مدعای فرهنگستان می‌گوید دین وظیفه سرپرستی تمام شئون انسان را بر عهده‌دارد. همان‌طور که در عرصه فردی دین وظیفه هدایت نفس، قلب و ذهن انسان را متکلف شده است در عرصه اجتماعی هم دین عهده‌دار هدایت سیاسی، فرهنگی و اقتصادی جوامع است. این وظیفه تنها در سطح اجتماع محدود نمی‌شود بلکه دین در شأن تاریخی خود وظیفه هدایت انسان در ساحت تمایلات و ظرفیت‌های تاریخی او را هم بر عهده‌دارد .
از نظر فرهنگستان اعمال سرپرستی دین در این سه ساحت از طریق ابزارها، الگوها و علوم مختص به خود است. دقیقه همان‌طور که مذهب الحاد هم سرپرستی خود را از طریق علوم و ابزارهای خاص خود انجام می‌دهد. پس بر اساس مدعای فرهنگستان در این نظریه دین نه عقیده و اعمال مرتبط به آن بلکه دین سرپرستی جریان حیات بیشتر است و دین‌داری اظهار تولا نسبت به این سرپرستی است. بروز این سرپرستی هم در عقاید و مناسک خاص خود است و با این تلقی از دین حوزه دخالت دین حوزه عدل و ظلم است، پس هیچ چیزی از سلطه دین بیرون نیست.
