پرسش از نوع رابطه عقل و وحی صورت‌بندی‌های نظری گوناگونی را در جواب به خود ایجاد کرده است. یکی از این صورت‌بندی‌های قابل تأمل، نظریه آیت‌الله جوادی آملی است که با توسعه هندسه معرفت دینی، هرگونه دانش را در حوزه دین وارد کرده و برچسب «علم دینی» به آن می‌زند. در این نظریه هندسه دین آن چنان وسعت پیدا می‌کند که چیزی خارج از آن قرار نمی‌گیرد.

دین‌شناسی استاد جوادی آملی
صورت‌بندی نظری استاد جوادی آملی در بحث علم دینی به ما می‌گوید که دین مجموعه عقاید، اخلاق و قوانین فقهی و حقوقی است که از جانب خداوند صادر شده، پس اصل مفاهیمی مثل خداوند، بهشت، دوزخ، ملائکه و... دین نیستند بلکه حقایق مستقلی در عالماند که دین با گزاره‌های هست و نیستی مانند خدا وجود دارد و... حوزه عقیده انسان و با گزاره‌های باید و نبایدی مانند واجب بودن نماز و... حیطه عمل انسان را در نسبت با آنها تنظیم می‌کند. دکتر پارسانیا به عنوان شارح جریان فکری آیت الله جوادی در دانشگاه، در توضیحی که از این تعریف ارائه می‌دهد دین را «ما اراد به شارع» یعنی آن چیزی که خداوند اراده می‌کند معرفی می‌کند.
بنابر این منشأ این احکام تنها خداوند متعال است که از طریق وحی آن را در اختیار بشر قرار می‌دهد. حقیقت وحی، معصوم از اشتباه و دخل تصرف شیاطین در اختیار شخص معصوم قرار داده می‌شود. مدعای خاص این نظریه در این نکته است که آن چیزی که ما امروز با آن سر و کار داریم نه اصل آن حقایق بلکه الفاظی هستند که از گذر قرن‌ها به ما رسیده است. از نظر استاد جوادی «نقل»، محصول شناخت «مفسر» و «فقیه» و «اصولی» و «حدیثی» از الفاظ «وحی» است که به‌علت معصوم نبودن از خطا در مرتبه پایین‌تر از وحی قرار دارد. در واقع طبق قول ایشان لازمه فهم قرآن و روایت مهارت یافتن در علومی چون صرف، نحو، رجال و درایه و بعد مقایسه احادیث با هم و عرضه آن‌ها به قرآن است و این در حالی است که تمام این مراحل خطاپذیرند و این یعنی فهم ما از قرآن و سنت هم خالی از خطا نیست.

منزلت عقل در هندسه معرفت دینی
 عقل به‌عنوان قوه‌ای در انسان که وظیفه درک کردن را بر عهده دارد در برخورد با وحی دست به اثبات آن می‌زند و به‌عنوان یک کلید، درِ خانه وحی را به‌روی انسان می‌گشاید.
از نظر آیت‌الله جوادی عده‌ای درباره عقل تفریط می‌کنند و آن را تنها کلید خانه وحی می‌دانند، همان‌طورکه پس از باز کردن در توسط کلید، کلید از کارایی‌اش می افتد عقل هم پس از اثبات خداوند و حقانیت وحی به گوشه‌ای می‌رود و دیگر کارایی ندارد و عده‌ای هم راه افراط را در پیش گرفته‌اند، طوری که عقل را میزان وحی دانسته و در صورت ایجاد تضاد میان عقل و وحی قائل به انتخاب عقل می‌شوند، اما عقیده صحیح از نظر استاد جوادی آن است که عقل در مرحله نخست به‌عنوان کلید، در خانه وحی را به روی انسان باز می‌کند و بعد مانند چراغ در کنار نقل کمک به شناسایی محتوای وحی می‌کند؛ پس عقل هم مانند نقل در مرتبه پایین‌تر از وحی، به‌عنوان چراغ و روشنگر، وظیفه‌شناسایی آن را بر عهده دارد. البته که عقل هیچ دخل و تصرفی نمی‌تواند در محتوای وحی داشته باشد؛ یعنی چیزی اضافه یا کم کند. پس با این نگاه، وحی به عنوان مقسم عقل و شرع در نظر گرفته می‌شود و به‌عنوان سلطان هر دو امکان هرگونه معارضه بین او و عقل منتفی است. با این وصف اگر اختلافی هست، دعوای بین عقل و نقل است که این دعوا درون گفتمان دین شکل می‌گیرد و نه بیرون از آن.
استاد جوادی برای اثبات نظریه خود چند مثال از شیوه رفع تناقضات عقل‌و‌نقل می‌آورد: گاهی توسط عقل، قانونی با استدلال و برهان اثبات می‌شود، بر فرض مثال اثبات می‌شود که خداوند جسم ندارد و نمی‌شود برای او اعضا در نظر گرفت، بعد با رجوع به وحی به آیه‌ای مانند «ید الله فوق ایدیهم» بر می‌خوریم، در این صورت ما ظاهر آیه را رها کرده و آن را تفسیر می‌کنیم. یا در جایی دیگر با آیه‌ای مانند «خلق الله کل شیء من الماء» روبه‌رو هستیم در حالی که علم ممکن است ثابت کند موجودی که آب در اجزای آن به کار نرفته باشد وجود دارد، در این صورت هم از کشف علم به‌عنوان تخصیص‌دهنده آیه استفاده می‌کنیم و در نتیجه دعوای بین عقل و نقل هم منتفی می‌شود.

علوم تجربی اسلامی
آیت‌الله جوادی برای اثبات وجود علم تجربی اسلامی پرسشی طرح می‌کند با این مضمون که نقل، از آن‌جا که حاصل اجتهاد و دقت عالمان در کلام وحی است و به ما خبر از آن می‌دهد، دینی خوانده می‌شود اما سؤال این‌جاست که وقتی ابتدای عالم خداست و بازگشت همه هم به‌سوی اوست، یا به زبان دیگر «هو الاول و هو الآخر» پس در این بین جز فعل و تجلی خدا چیز دیگری نیست، با این حال چطور می‌شود که بررسی «کلام» خداوند به خاطر انتسابش به او «دینی» خوانده می‌شود اما بررسی «فعل» خداوند، یعنی عالم طبیعت، توسط دانشمند تجربی علم دینی خوانده نمی‌شود؟ پاسخ خود او به این پرسش این است که علوم طبیعی کارش شناخت خلقت خدای تعالی است؛ یعنی مشغول خلقت‌شناسی هستند پس قطعاً محصولشان هم دینی است و حجت دینی هم هست، البته به شرطی که ما را به یقین یا ظن و گمان معتبر برساند. بر فرض مثال اگر دانشمند تجربی که به هواشناسی مشغول است یقین کند که توفان در راه است و سفر در جاده موجب به خطر افتادن جان انسان است، پس بر انسان حجت است که مسافرت نکند و اگر هم به سفر برود سفرش سفر معصیت بوده و نمازش کامل می‌شود.
با این وصف از نظر استاد جوادی، علم به‌عنوان محصول عقل درون گفتمان دین قرار می‌گیرد و تمام علوم،
دینی هستند و فرض در نظر گرفتن علم غیر دینی محال است حتی اگر دانشمند آن بی‌دین باشد.
از نظر او همچنان که ما از طریق اجتهاد و کوشش در قرآن و سنت، احکام الهی را استخراج می‌کنیم می‌توانیم با اجتهاد در آیاتی که در‌باره طبیعت سخن می‌گوید قواعد تجربی را هم استخراج کنیم. حرف استاد جوادی آملی این است که دین اصول تمام علوم را در اختیار انسان قرار داده و ما تنها با اجتهاد موظف به استخراج فروع از آن‌ها هستیم. آیت‌الله جوادی به دنبال این است که مدعای خود را با آیاتی چون «وَ نَزَّلْنا عَلَیْکَ الْکِتابَ تِبْیاناً لِکُلِّ شَیْء» یا روایتی چون «بر ماست ابلاغ اصول، بر شما و به عهده شماست تفرع در آن» اثبات کند.

فلسفه تنها علم سکولار عالم
آیت‌الله جوادی در بررسی تاریخی فلسفه این نکته را بیان می‌کند که فلسفه تنها علمی در عالم است که در لحظه تولد نه الهی است و نه الحادی، اما در ادامه با شناخت عالم یا شکل جهان‌بینی الهی پیدا می‌کند یا الحادی. به عبارت دیگر عقل با کنکاش در عالم، زمانی که به حقیقتی مانند خدا یا عالم غیب می‌رسد چنانچه خضوع کند و آن را بپذیرد الهی می‌شود و اگر تکبر ورزی کند الحادی می‌شود. از طرفی تمام علوم بر پایه فلسفه علمِ خود به وجود می‌آیند و این فلسفه علم هم بر پایه فلسفه مطلق ایجاد می‌شود. بنابراین اگر فلسفه مطلق ما الهی شد عالم را مخلوق خدا می‌بینیم و اگر الحادی شد عالم را طبیعت بی‌جان می دانیم. از نظر استاد جوادی مشکل علوم جدید این است که خداوند را به‌عنوان ابتدا و انتهای عالم در نظر نمی‌گیرند و از آن جایی که در دامن فلسفه الحادی رشد کرده‌اند طبیعت را به‌عنوان لاشه بی‌جانی تصور می‌کنند.

اسلامی‌سازی علوم
لازمه اصلاح علم غربی از نگاه استاد جوادی اصلاح جهان‌بینی و فلسفه علم و در نظر گرفتن خداوند به عنوان مبدأ و انتهای آن است. در این صورت است که عالَم مخلوق خدا و علمش خلقت‌شناسی می‌شود. صنعت هم به‌عنوان حرفه‌ای که به مونتاژ و بهره‌برداری از خلق الهی مشغول است صفت دینی می‌گیرد.
در نهایت استاد جوادی نکات زیر را با توجه به نظریات گفته شده برای اصلاح ساختار علم و دانشگاه در کشور توصیه می‌کند؛
1- عنوان طبیعت را برداریم و به‌جای آن عنوان خلقت بگذاریم.
2- عنوان خالق یعنی خدای متعال محفوظ باشد و هدف را هم فقط او قرار دهیم.
3- محور بحث ما دلیل معتبر نقلی باشد، چرا که دین وظیفه ارائه اصول علم را بر عهده دارد و دانشمندان وظیفه استخراج جزئیات آن.
4- از تأییدهای نقلی یا تعلیل‌های آن استمداد شود.
5- دعوای حسبنا العقل نشود.
6- تفسیر هر جزئی از طبیعت با تفسیر جزء دیگر آن انجام شود تا از جنس تفسیر آیه به آیه باشد.